18. yüzyılın sonlarında, Venedik’e gelen gemilerdeki veba şüphesini denetlemek amacıyla bir “Lazzaretto” olarak kullanılan Poveglia, binlerce insanın son durağı oldu. Tarihçiler, 1793-1814 yılları arasında adada on binlerce veba kurbanının hayatını kaybettiğini ve bu naaşların salgın riskini asgariye indirmek amacıyla adada yakılarak toplu çukurlara gömüldüğünü belirtti. Bölgedeki toprak katmanlarında rastlanan yoğun kalsiyum ve kül miktarının, bu kitlesel yakma işlemlerinin bir sonucu olduğu iddia edildi.

Adanın modern tarihindeki en tartışmalı dönemi, 1922 yılında açılan ve 1968 yılına kadar faaliyet gösteren sağlık tesisiyle başladı. Arşiv kayıtlarında yaşlı bakım evi ve psikiyatri kliniği olarak geçen bu yapıda, dönem şartlarında etik dışı tıbbi deneyler yapıldığına dair ciddi iddialar bulunuyor. Hastanenin kapatılmasının ardından ada tamamen boşaltılmış ve binaların statik yetersizliği ile güvenlik gerekçeleriyle İtalya hükümeti tarafından sivil girişine mühürlendi.

Günümüzde sadece özel izinle ve bilimsel araştırmalar için girilebilen ada, lagün üzerindeki en korunaklı ve gizemli bölgelerden biri olma özelliğini koruyor.